Sang đầu thế kỷ 20, sỹ phu Việt Nam đã chuyển sang đấu tranh qua nhiều hình thức sau những thất bại của phong trào Duy Tân, Đông Kinh Nghĩa Thục. một trong số đó là mặt trận tư tưởng, các sỹ phu tạo phong trào viết sách báo, dạy học, diễn thuyết công khai hợp pháp, hô hào bỏ cũ theo mới, kêu gọi lòng ái nước, thúc đẩy khởi nghĩa.

Một số đã đội lốt thầy bói, thầy tướng để đi vào các đền thờ để thực hiện bói toán cầu cơ, xen lồng với việc tuyên truyền. Hà Nội là một trọng điểm tuyên truyền, Phố Cửa Nam nhộn nhịp đủ càng tầng lớp người qua lại, họ là binh lính, cai đội, đầu bếp, người bán hàng rong.

Qua nhiều lần tiếp xúc với các thầy tướng số, mối quan hệ đã trở nên thân mật với một số binh lính thuộc pháo đội công vụ, trung đoàn 4 pháo binh, từ chỗ thân mật còn làm nhận thức được sự đối xử tàn tệ của bọn sĩ quan Pháp đối với họ, sự đối xử bất bình đẳng giữa binh lính Pháp và Việt.

Nhiều cuộc họp bí mật đã diễn ra, chọn ra và tổ chức các nhân vật nội ứng tại tại nhà thầy tướng Nguyễn Văn Phúc ở phố hàng Buồm và nhà 20 phố cửa Nam[1].

Cuộc binh biến đã bị hoãn nhiều lần. Lần thứ nhất ấn định là 15/11/1907. Lần thứ 2 ấn định là 16-5-1908. Lần thứ 3 ấn định hạ tuần tháng 6 năm 1908.